小智为了参加神奇宝贝彩幽大会，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则动身挑战故乡关都地区新设的对战开拓区。而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛。故事中的反面角色由火箭队二人组增加到火岩队和水舰队。相比略带搞笑色彩的火箭队，火岩队和水舰队则显得更加“专业”。小智等人与其对抗，并见证超古代神奇宝贝力量的经历也成为了故事的另外一条线索。